[R-br] Analise conjunta R

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[R-br] Analise conjunta R

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Prezado prof Walmes, bom dia.
Em uma análise conjunta que fiz, a interação Cultivar x Local foi significativa. Precisa desdobrá-la e aplicar o teste Skott-Knott nas medias de cultivar dentro de cada Local. Como fazê-lo?
Att

--
José Wellingthon dos Santos
Pesquisador - Métodos Quantitativos
Embrapa Algodão
Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa)
Campina Grande, PB

[hidden email]
Telefone: +55 (83) 3182-4401 | Fax: +55 (83) 3182-4367
www.embrapa.br/algodao | https://twitter.com/embrapa_algodao
Confira também: www.facebook.com/agrosustentavel


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Aviso de confidencialidade

Esta mensagem da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), empresa publica federal regida pelo disposto na Lei Federal no. 5.851, de 7 de dezembro de 1972, e enviada exclusivamente a seu destinatario e pode conter informacoes confidenciais, protegidas por sigilo profissional. Sua utilizacao desautorizada e ilegal e sujeita o infrator as penas da lei. Se voce a recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenvia-la ao emitente, esclarecendo o equivoco.


Confidentiality note

This message from Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), a government company established under Brazilian law (5.851/72), is directed exclusively to its addressee and may contain confidential data, protected under professional secrecy rules. Its unauthorized use is illegal and may subject the transgressor to the law's penalties. If you are not the addressee, please send it back, elucidating the failure.


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https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Re: [R-br] Analise conjunta R

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José Wellingthon,

Devo assumir que você declarou um modelo de efeitos aleatórios (lme4, nlme)?
Se sim, não conheço implementação de Scott Knott para essa classe de modelos no R.

Apesar de muito popular, no meu entendimento a aplicação do teste de Scott Knott é muitas vezes mal interpretada. Não é um teste de comparações múltiplas mas, devido ao hábito dos usuŕios é interpretado como se fosse. De qualquer forma, não é o cerne da sua questão.

O pacote ScottKnott (que foi desenvolvido por membros dessa lista: Enio Jelihovschi, José Cláudio Faria e Ivan Bezerra Allaman) tem a função SK.nest() para ser usada em modelos de classe `aovList`, que representa modelos de mais de um estrato quando se usa o termo Error() na fórmula da aov(). Se usa muito para delineamentos em parcela subdivida e serve para análise conjunta de experimentos também. Mas o requisito é balanceamento. Aqui você tem exemplos que podem ser adaptados: http://leg.ufpr.br/~walmes/mpaer/analise-conjunta-de-experimentos.html.

Se você declarar o modelo de efeitos mistos com a lme4 ou nlme, aí pode usar a combinação de pacotes `lsmeans` e `multcomp` para sair com comparações múltiplas, sejam por contrastes planejados, todas duas a duas, todos contra testemunha, etc. O uso desses pacotes com modelos de efeitos mistos você encontra exemplos aqui: http://leg.ufpr.br/~walmes/mpaer/delineamento-em-latice.html.

========================================================================
Walmes Marques Zeviani
LEG - Laboratório de Estatística e Geoinformação [25.450418S 49.231759W]
Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
fone: (+55) 41 3361 3573                       linux user number: 531218
pages & profiles:                                
 http://www.leg.ufpr.br/~walmes | http://lattes.cnpq.br/4410617539281650
 http://git.leg.ufpr.br/walmes  | https://github.com/walmes
 https://www.mendeley.com/profiles/walmes-zeviani1/
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On Fri, Oct 25, 2019 at 7:37 AM Jose Wellingthon Dos Santos <[hidden email]> wrote:
Prezado prof Walmes, bom dia.
Em uma análise conjunta que fiz, a interação Cultivar x Local foi significativa. Precisa desdobrá-la e aplicar o teste Skott-Knott nas medias de cultivar dentro de cada Local. Como fazê-lo?
Att

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José Wellingthon dos Santos
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Re: [R-br] Analise conjunta R

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Prof. Walmes, bom dia!
Muito obrigado pelos excelentes esclarecimentos.
Att

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José Wellingthon dos Santos
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De: "Walmes Zeviani" <[hidden email]>
Para: "Jose Wellingthon Dos Santos" <[hidden email]>
Cc: "a lista Brasileira oficial de discussão do programa R." <[hidden email]>
Enviadas: Quinta-feira, 31 de outubro de 2019 20:21:06
Assunto: Re: Analise conjunta R

José Wellingthon,

Devo assumir que você declarou um modelo de efeitos aleatórios (lme4, nlme)?
Se sim, não conheço implementação de Scott Knott para essa classe de modelos no R.

Apesar de muito popular, no meu entendimento a aplicação do teste de Scott Knott é muitas vezes mal interpretada. Não é um teste de comparações múltiplas mas, devido ao hábito dos usuŕios é interpretado como se fosse. De qualquer forma, não é o cerne da sua questão.

O pacote ScottKnott (que foi desenvolvido por membros dessa lista: Enio Jelihovschi, José Cláudio Faria e Ivan Bezerra Allaman) tem a função SK.nest() para ser usada em modelos de classe `aovList`, que representa modelos de mais de um estrato quando se usa o termo Error() na fórmula da aov(). Se usa muito para delineamentos em parcela subdivida e serve para análise conjunta de experimentos também. Mas o requisito é balanceamento. Aqui você tem exemplos que podem ser adaptados: http://leg.ufpr.br/~walmes/mpaer/analise-conjunta-de-experimentos.html.

Se você declarar o modelo de efeitos mistos com a lme4 ou nlme, aí pode usar a combinação de pacotes `lsmeans` e `multcomp` para sair com comparações múltiplas, sejam por contrastes planejados, todas duas a duas, todos contra testemunha, etc. O uso desses pacotes com modelos de efeitos mistos você encontra exemplos aqui: http://leg.ufpr.br/~walmes/mpaer/delineamento-em-latice.html.

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On Fri, Oct 25, 2019 at 7:37 AM Jose Wellingthon Dos Santos <[hidden email]> wrote:
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