[R-br] Anova fatorial com medidas repetidas (e aninhamento?)

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[R-br] Anova fatorial com medidas repetidas (e aninhamento?)

R-br mailing list

Olá pessoal.


Desejo comparar a variável "PC" (variável dependente contínua) entre 3 fatores (variáveis independentes categóricas: rede, ambiente e sensibilidade). 


Como tenho mais de uma medida para a mesma paisagem, creio que devo fazer uma ANOVA fatorial com medidas repetidas. No entanto, creio que haja um aninhamento entre os níveis da variável "sensibilidade", pois o tipo "sensível" é sempre um subconjunto do tipo "tolerante" (está contido em).


Como considero esse aninhamento no teste?


Por enquanto, meu código é:


resultado=aov(PC ~ rede + ambiente + sensibilidade + Error(factor(paisagem)))


paisagem PC rede ambiente sensibilidade
35 238.00 Sim florestal sensivel
35 247.00 Sim florestal tolerante
35 6.76 Sim savanico tolerante
35 228.00 Não florestal sensivel
35 228.00 Não florestal tolerante
35 5.15 Não savanico tolerante
36 113.00 Sim florestal sensivel
36 123.00 Sim florestal tolerante
36 144.00 Sim savanico sensivel
36 160.00 Sim savanico tolerante
36 87.50 Não florestal sensivel
36 87.50 Não florestal tolerante
36 127.00 Não savanico sensivel
36 127.00 Não savanico tolerante


Obrigada.

-----------------------------
Thallita Grande, M.Sc.
Doutorado em Ecologia 
Instituto de Ciencias Biologicas 
Universidade de Brasilia - Campus Darcy Ribeiro
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Re: [R-br] Anova fatorial com medidas repetidas (e aninhamento?)

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Thallita,

O excerto dos seus dados mostra que (pelo menos para o R) o fator sensibilidade tem dois níveis: sensível e tolerante

Escrevendo de outra forma um caso ou é sensível ou é tolerante.

Então: o quê você quiz dizer com a expressão "subconjunto de"?



On Thu, Oct 11, 2018 at 10:22 PM Thallita Grande por (R-br) <[hidden email]> wrote:

Olá pessoal.


Desejo comparar a variável "PC" (variável dependente contínua) entre 3 fatores (variáveis independentes categóricas: rede, ambiente e sensibilidade). 


Como tenho mais de uma medida para a mesma paisagem, creio que devo fazer uma ANOVA fatorial com medidas repetidas. No entanto, creio que haja um aninhamento entre os níveis da variável "sensibilidade", pois o tipo "sensível" é sempre um subconjunto do tipo "tolerante" (está contido em).


Como considero esse aninhamento no teste?


Por enquanto, meu código é:


resultado=aov(PC ~ rede + ambiente + sensibilidade + Error(factor(paisagem)))


paisagem PC rede ambiente sensibilidade
35 238.00 Sim florestal sensivel
35 247.00 Sim florestal tolerante
35 6.76 Sim savanico tolerante
35 228.00 Não florestal sensivel
35 228.00 Não florestal tolerante
35 5.15 Não savanico tolerante
36 113.00 Sim florestal sensivel
36 123.00 Sim florestal tolerante
36 144.00 Sim savanico sensivel
36 160.00 Sim savanico tolerante
36 87.50 Não florestal sensivel
36 87.50 Não florestal tolerante
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Obrigada.

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Re: [R-br] Anova fatorial com medidas repetidas (e aninhamento?)

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Olá Cesar.


Os meus dados dizem respeito a configurações espaciais de redes em paisagens. Quando eu falei em "subconjunto", quis dizer que, espacialmente, o grupo "sensível" está contido dentro do grupo "tolerante". Mas de fato são níveis independentes, ou seja, ou é sensível ou é tolerante. Explicando mais um pouco: eu gerei a variável dependente "PC" quatro vezes, em cada dos seguintes grupos: florestal-sensível, florestal-tolerante, savânico-sensível, savânico-tolerante. 


Será que estou enganada quanto à possibilidade de aninhamento?



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De: R-br <[hidden email]> em nome de Cesar Rabak por (R-br) <[hidden email]>
Enviado: domingo, 14 de outubro de 2018 19:55:36
Para: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R.
Cc: Cesar Rabak
Assunto: Re: [R-br] Anova fatorial com medidas repetidas (e aninhamento?)
 
Thallita,

O excerto dos seus dados mostra que (pelo menos para o R) o fator sensibilidade tem dois níveis: sensível e tolerante

Escrevendo de outra forma um caso ou é sensível ou é tolerante.

Então: o quê você quiz dizer com a expressão "subconjunto de"?



On Thu, Oct 11, 2018 at 10:22 PM Thallita Grande por (R-br) <[hidden email]> wrote:

Olá pessoal.


Desejo comparar a variável "PC" (variável dependente contínua) entre 3 fatores (variáveis independentes categóricas: rede, ambiente e sensibilidade). 


Como tenho mais de uma medida para a mesma paisagem, creio que devo fazer uma ANOVA fatorial com medidas repetidas. No entanto, creio que haja um aninhamento entre os níveis da variável "sensibilidade", pois o tipo "sensível" é sempre um subconjunto do tipo "tolerante" (está contido em).


Como considero esse aninhamento no teste?


Por enquanto, meu código é:


resultado=aov(PC ~ rede + ambiente + sensibilidade + Error(factor(paisagem)))


paisagem PC rede ambiente sensibilidade
35 238.00 Sim florestal sensivel
35 247.00 Sim florestal tolerante
35 6.76 Sim savanico tolerante
35 228.00 Não florestal sensivel
35 228.00 Não florestal tolerante
35 5.15 Não savanico tolerante
36 113.00 Sim florestal sensivel
36 123.00 Sim florestal tolerante
36 144.00 Sim savanico sensivel
36 160.00 Sim savanico tolerante
36 87.50 Não florestal sensivel
36 87.50 Não florestal tolerante
36 127.00 Não savanico sensivel
36 127.00 Não savanico tolerante


Obrigada.

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Re: [R-br] Anova fatorial com medidas repetidas (e aninhamento?)

R-br mailing list
Parece que os níveis todos são independentes e o seu fatorial é completo com repetições. Sua chamada a anova parece OK e refletir isso.



On Mon, Oct 15, 2018 at 9:33 AM Thallita Grande por (R-br) <[hidden email]> wrote:

Olá Cesar.


Os meus dados dizem respeito a configurações espaciais de redes em paisagens. Quando eu falei em "subconjunto", quis dizer que, espacialmente, o grupo "sensível" está contido dentro do grupo "tolerante". Mas de fato são níveis independentes, ou seja, ou é sensível ou é tolerante. Explicando mais um pouco: eu gerei a variável dependente "PC" quatro vezes, em cada dos seguintes grupos: florestal-sensível, florestal-tolerante, savânico-sensível, savânico-tolerante. 


Será que estou enganada quanto à possibilidade de aninhamento?



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De: R-br <[hidden email]> em nome de Cesar Rabak por (R-br) <[hidden email]>
Enviado: domingo, 14 de outubro de 2018 19:55:36
Para: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R.
Cc: Cesar Rabak
Assunto: Re: [R-br] Anova fatorial com medidas repetidas (e aninhamento?)
 
Thallita,

O excerto dos seus dados mostra que (pelo menos para o R) o fator sensibilidade tem dois níveis: sensível e tolerante

Escrevendo de outra forma um caso ou é sensível ou é tolerante.

Então: o quê você quiz dizer com a expressão "subconjunto de"?



On Thu, Oct 11, 2018 at 10:22 PM Thallita Grande por (R-br) <[hidden email]> wrote:

Olá pessoal.


Desejo comparar a variável "PC" (variável dependente contínua) entre 3 fatores (variáveis independentes categóricas: rede, ambiente e sensibilidade). 


Como tenho mais de uma medida para a mesma paisagem, creio que devo fazer uma ANOVA fatorial com medidas repetidas. No entanto, creio que haja um aninhamento entre os níveis da variável "sensibilidade", pois o tipo "sensível" é sempre um subconjunto do tipo "tolerante" (está contido em).


Como considero esse aninhamento no teste?


Por enquanto, meu código é:


resultado=aov(PC ~ rede + ambiente + sensibilidade + Error(factor(paisagem)))


paisagem PC rede ambiente sensibilidade
35 238.00 Sim florestal sensivel
35 247.00 Sim florestal tolerante
35 6.76 Sim savanico tolerante
35 228.00 Não florestal sensivel
35 228.00 Não florestal tolerante
35 5.15 Não savanico tolerante
36 113.00 Sim florestal sensivel
36 123.00 Sim florestal tolerante
36 144.00 Sim savanico sensivel
36 160.00 Sim savanico tolerante
36 87.50 Não florestal sensivel
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Re: [R-br] Anova fatorial com medidas repetidas (e aninhamento?)

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Oi Cesar.


Na verdade, acho que os níveis da variável sensibilidade não são independentes. Pois os níveis "sensível" e "tolerante" foram caracterizados de forma diferente para o grupo florestal e savânico. É como se eu tivesse 4 níveis distintos dentro da variável sensibilidade, dois relativos ao nível savânico e dois relativos ao nível florestal, da variável "tipo".


Estudando sobre aninhamento, encontrei essa possibilidade:


modelo <- aov(PC ~ Rede * ambiente/sensibilidade + Error(paisag), data=data)

Mas estou com dúvida se expresso o aninhamento dessa forma, ou dentro do "Error", como por exemplo algo assim:

modelo <- aov(PC ~ Rede * ambiente * sensibilidade + Error(paisag/sensibilidade), data=data)

Agradeço qualquer elucidação.



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De: Cesar Rabak <[hidden email]>
Enviado: terça-feira, 16 de outubro de 2018 00:59:24
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Assunto: Re: [R-br] Anova fatorial com medidas repetidas (e aninhamento?)
 
Parece que os níveis todos são independentes e o seu fatorial é completo com repetições. Sua chamada a anova parece OK e refletir isso.



On Mon, Oct 15, 2018 at 9:33 AM Thallita Grande por (R-br) <[hidden email]> wrote:

Olá Cesar.


Os meus dados dizem respeito a configurações espaciais de redes em paisagens. Quando eu falei em "subconjunto", quis dizer que, espacialmente, o grupo "sensível" está contido dentro do grupo "tolerante". Mas de fato são níveis independentes, ou seja, ou é sensível ou é tolerante. Explicando mais um pouco: eu gerei a variável dependente "PC" quatro vezes, em cada dos seguintes grupos: florestal-sensível, florestal-tolerante, savânico-sensível, savânico-tolerante. 


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De: R-br <[hidden email]> em nome de Cesar Rabak por (R-br) <[hidden email]>
Enviado: domingo, 14 de outubro de 2018 19:55:36
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Assunto: Re: [R-br] Anova fatorial com medidas repetidas (e aninhamento?)
 
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O excerto dos seus dados mostra que (pelo menos para o R) o fator sensibilidade tem dois níveis: sensível e tolerante

Escrevendo de outra forma um caso ou é sensível ou é tolerante.

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On Thu, Oct 11, 2018 at 10:22 PM Thallita Grande por (R-br) <[hidden email]> wrote:

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Desejo comparar a variável "PC" (variável dependente contínua) entre 3 fatores (variáveis independentes categóricas: rede, ambiente e sensibilidade). 


Como tenho mais de uma medida para a mesma paisagem, creio que devo fazer uma ANOVA fatorial com medidas repetidas. No entanto, creio que haja um aninhamento entre os níveis da variável "sensibilidade", pois o tipo "sensível" é sempre um subconjunto do tipo "tolerante" (está contido em).


Como considero esse aninhamento no teste?


Por enquanto, meu código é:


resultado=aov(PC ~ rede + ambiente + sensibilidade + Error(factor(paisagem)))


paisagem PC rede ambiente sensibilidade
35 238.00 Sim florestal sensivel
35 247.00 Sim florestal tolerante
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35 228.00 Não florestal tolerante
35 5.15 Não savanico tolerante
36 113.00 Sim florestal sensivel
36 123.00 Sim florestal tolerante
36 144.00 Sim savanico sensivel
36 160.00 Sim savanico tolerante
36 87.50 Não florestal sensivel
36 87.50 Não florestal tolerante
36 127.00 Não savanico sensivel
36 127.00 Não savanico tolerante


Obrigada.

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