[R-br] Decomposição de Cholesky para matriz não positiva definida. Exemplo geoestatístico

classic Classic list List threaded Threaded
3 messages Options
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

[R-br] Decomposição de Cholesky para matriz não positiva definida. Exemplo geoestatístico

R-br mailing list
Olá pessoal da lista!

Estou tentando estimar os parâmetros de um modelo geoestatistico no qual a matriz de covariancia é obtida por meio de uma matriz de distância entre linhas. Ou seja, linhas interceptadas tem distância zero, assim não somente a diagonal da matriz de distância é zero. Isso acaba acarretando em problema na hora de decompor a matriz de covariância usando Cholesky. Alguém tem alguma solucão ou dica? Já tentei algumas coisas como aproximacões para ser positiva definida, entre outras, mas na hora de estimar os parâmetros nada converge.

Abraco

_______________________________________________
R-br mailing list
[hidden email]
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: [R-br] Decomposição de Cholesky para matriz não positiva definida. Exemplo geoestatístico

R-br mailing list

Escreva

 y = X\beta + As + erro

em que A e' uma matriz de projecao do efeito espacial s. Disso temos que

Cov(Y) = Cov(Ax + erro) = A'Cov(s)A + Cov(Erro)

Elias.

On 31/07/2018 11:12, Wagner Wolff via R-br wrote:
Olá pessoal da lista!

Estou tentando estimar os parâmetros de um modelo geoestatistico no qual a matriz de covariancia é obtida por meio de uma matriz de distância entre linhas. Ou seja, linhas interceptadas tem distância zero, assim não somente a diagonal da matriz de distância é zero. Isso acaba acarretando em problema na hora de decompor a matriz de covariância usando Cholesky. Alguém tem alguma solucão ou dica? Já tentei algumas coisas como aproximacões para ser positiva definida, entre outras, mas na hora de estimar os parâmetros nada converge.

Abraco


_______________________________________________
R-br mailing list
[hidden email]
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.


_______________________________________________
R-br mailing list
[hidden email]
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: [R-br] Decomposição de Cholesky para matriz não positiva definida. Exemplo geoestatístico

R-br mailing list
O que seria essa matrix de projecao? Como eu mudaria na funcao log.verossimilhancao, abaixo: 

montaSigma <- function(s2, t2, phi, Umat){
    Sigma <- as.matrix(s2 * exp(-Umat/phi))
    Sigma <- ifelse(Umat==0, diag(Sigma)+t2, Sigma)
    return(Sigma)
}


ll.geo <- function(s2, t2, phi, modelo, Umat, dados, logpars = F) {
    if (logpars) {
        s2 <- exp(s2)
        t2 <- exp(t2)
        phi <- exp(phi)
    }
    mf <- model.frame(modelo, dados)
    y <- model.response(mf)
    D <- model.matrix(modelo, mf)
    Sigma <- montaSigma(s2 = s2, t2 = t2, phi = phi, Umat = Umat)
    R <- chol(Sigma)
    invRD <- backsolve(R, D, transpose = TRUE)
    invRy <- backsolve(R, y, transpose = TRUE)
    bhat <- solve(crossprod(invRD), crossprod(invRD, invRy))
    invRe <- invRy - invRD %*% bhat
    nll <- drop(length(y) * log(2 * pi)/2 + sum(log(diag(R))) + crossprod(invRe)/2)
    return(nll)

Abraco

Em 31 de julho de 2018 16:22, Elias T Krainski via R-br <[hidden email]> escreveu:

Escreva

 y = X\beta + As + erro

em que A e' uma matriz de projecao do efeito espacial s. Disso temos que

Cov(Y) = Cov(Ax + erro) = A'Cov(s)A + Cov(Erro)

Elias.

On 31/07/2018 11:12, Wagner Wolff via R-br wrote:
Olá pessoal da lista!

Estou tentando estimar os parâmetros de um modelo geoestatistico no qual a matriz de covariancia é obtida por meio de uma matriz de distância entre linhas. Ou seja, linhas interceptadas tem distância zero, assim não somente a diagonal da matriz de distância é zero. Isso acaba acarretando em problema na hora de decompor a matriz de covariância usando Cholesky. Alguém tem alguma solucão ou dica? Já tentei algumas coisas como aproximacões para ser positiva definida, entre outras, mas na hora de estimar os parâmetros nada converge.

Abraco


_______________________________________________
R-br mailing list
[hidden email]
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.


_______________________________________________
R-br mailing list
[hidden email]
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.



--
Wagner Wolff, PhD
"Luiz de Queiroz" College of Agriculture,
University of São Paulo
Pádua Dias avenue11 | 13418-900| Piracicaba-SP| Brazil
Phone:  <a href="tel:+55%2019%2098238-5582" value="+5519982385582" target="_blank">+55 19 982385582 
http://orcid.org/0000-0003-3426-308X
https://github.com/wwolff7
http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4463141A1

_______________________________________________
R-br mailing list
[hidden email]
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.