Re: [R-br] Digest R-br, volume 95, assunto 3

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 95, assunto 3

R-br mailing list
Marcelo, acredito que isso pode te ajudar...


> dados <- textConnection("Bloco Clone Esp Arv CAP HT
+ 1 A 3x3 1 12,5 18
+                         1 A 3x3 2 10,1 11
+                         1 A 3x3 2 11 11,5
+                         1 A 3x3 3 19 21
+                         1 A 3x3 4 19 20
+                         1 A 3x3 5 9 8
+                         1 A 3x3 6 18 17
+                         1 A 3x3 6 17 18
+                         1 A 3x3 6 18,5 17,5
+                         1 A 3x3 7 8 10")
> x <- read.table(dados, header = T, dec = ",");x
   Bloco Clone Esp Arv  CAP   HT
1      1     A 3x3   1 12.5 18.0
2      1     A 3x3   2 10.1 11.0
3      1     A 3x3   2 11.0 11.5
4      1     A 3x3   3 19.0 21.0
5      1     A 3x3   4 19.0 20.0
6      1     A 3x3   5  9.0  8.0
7      1     A 3x3   6 18.0 17.0
8      1     A 3x3   6 17.0 18.0
9      1     A 3x3   6 18.5 17.5
10     1     A 3x3   7  8.0 10.0
> CAP.sqrt <-function(x){ raiz = sqrt(sum(x^2))
+ return(raiz)}
> x$COVA <- paste(x$Bloco, x$Clone, x$Esp, x$Arv, sep = "")
> attach(x)
> CAPcalc <- tapply(CAP, COVA, CAP.sqrt) #note que aqui com o exemplo que você deu só teremos 7 resultados (possíveis combinações entre bloco, clone e espaçamento),
> # criando um novo data.frame com a variável CAPcalc
> detach(x)
> # TESTE
> newtable <- data.frame(BLOCO  = rep(1, times = 7),
+                        CLONE = rep("A", times = 7),
+                        ESP = rep("3x3", times = 7),
+                        ARV = 1:7,
+                        CAPcalc)
> newtable
       BLOCO CLONE ESP ARV  CAPcalc
1A3x31     1     A 3x3   1 12.50000
1A3x32     1     A 3x3   2 14.93352
1A3x33     1     A 3x3   3 19.00000
1A3x34     1     A 3x3   4 19.00000
1A3x35     1     A 3x3   5  9.00000
1A3x36     1     A 3x3   6 30.90712
1A3x37     1     A 3x3   7  8.00000

Em sáb, 3 de nov de 2018 às 12:00, <[hidden email]> escreveu:
Enviar submissões para a lista de discussão R-br para
        [hidden email]

Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço
        https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou
corpo da mensagem para
        [hidden email]

Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo
endereço
        [hidden email]

Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."


Tópicos de Hoje:

   1. IC 95% (Edmar Caldas)
   2. Re: IC 95% (Marcus Nunes)
   3. Cálculo do CAP com base na repetição da árvore (Marcelo Laia)


----------------------------------------------------------------------

Message: 1
Date: Sat, 3 Nov 2018 01:21:39 +0000 (UTC)
From: Edmar Caldas <[hidden email]>
To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R.
        <[hidden email]>
Subject: [R-br] IC 95%
Message-ID: <[hidden email]>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Boa Noite!
Pq meus intervalos de confiança deram negativos, se a média é positiva? Outra notação, valor do teste t também deu negativo?
> t.test(Pesquisa$wwwhr~Pesquisa$sex, var.equal=FALSE)
 Welch Two Sample t-test
data:  Pesquisa$wwwhr by Pesquisa$sext = -4.7853, df = 1314.3, p-value = 1.9e-06alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 095 percent confidence interval: -3.083359 -1.290332sample estimates: mean in group FEMININO mean in group MASCULINO                4.920046                7.106892 


Edmar
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181103/4d191f27/attachment-0001.html>

------------------------------

Message: 2
Date: Sat, 3 Nov 2018 07:43:11 -0300
From: Marcus Nunes <[hidden email]>
To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R.
        <[hidden email]>
Subject: Re: [R-br] IC 95%
Message-ID:
        <CA+QGQvuJ2brzVLqirK1-thcuEMRf+=Vfda4Nh3-w0ZAfoY=[hidden email]>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Este é um teste t de comparação da diferença entre as médias de dois
grupos. Por padrão, o R assume que os níveis dos grupos são dados em ordem
alfabética. Portanto, no teu caso, Grupo 1 é FEMININO e Grupo 2 é
MASCULINO. Desta forma, tua hipótese nula é

H_0: mu_1 - mu_2 = 0

Ou seja,

H_0: mu_FEMININO - mu_MASCULINO = 0

O estimador será X_barra_FEMININO - X_barra_MASCULINO. Portanto,
4.920046 - 7.106892
= -2.186846. A partir disso, é fácil ver porque o intervalo de confiança é
todo negativo (dica: há diferença entre as médias, com FEMININO <
MASCULINO) e porque a estatística do teste deu negativa também.
--
Marcus Nunes
Professor Adjunto
Universidade Federal do Rio Grande do Norte
Centro de Ciências Exatas e da Terra
Departamento de Estatística
Laboratório de Estatística Aplicada
[hidden email]
https://marcusnunes.me/



On Fri, Nov 2, 2018 at 10:22 PM Edmar Caldas por (R-br) <
[hidden email]> wrote:

> Boa Noite!
>
> Pq meus intervalos de confiança deram negativos, se a média é positiva?
> Outra notação, valor do teste t também deu negativo?
>
> > t.test(Pesquisa$wwwhr~Pesquisa$sex, var.equal=FALSE)
>
> Welch Two Sample t-test
>
> data:  Pesquisa$wwwhr by Pesquisa$sex
> t = -4.7853, df = 1314.3, p-value = 1.9e-06
> alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0
> 95 percent confidence interval:
>  -3.083359 -1.290332
> sample estimates:
>  mean in group FEMININO mean in group MASCULINO
>                4.920046                7.106892
>
>
>
> Edmar
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> [hidden email]
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181103/4bc0b32e/attachment-0001.html>

------------------------------

Message: 3
Date: Sat, 3 Nov 2018 10:40:56 -0300
From: Marcelo Laia <[hidden email]>
To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R.
        <[hidden email]>
Subject: [R-br] Cálculo do CAP com base na repetição da árvore
Message-ID: <20181103134056.GC2176@localhost>
Content-Type: text/plain; charset=iso-8859-1

Bom dia!

Em Engenharia Florestal é comum termos numa mesma cova duas ou mais hastes
(árvores), a qual chamamos de bifurcadas (para duas), trifurcadas (para três),
etc..

Assim, podemos ter o seguinte:

Bloco Clone  Esp Arv   CAP  HT
1       A    3x3   1   12,5 18
1       A    3x3   2   10,1 11
1       A    3x3   2   11   11,5
1       A    3x3   3   19   21
1       A    3x3   4   19   20
1       A    3x3   5   9     8
1       A    3x3   6   18    17
1       A    3x3   6   17    18
1       A    3x3   6   18,5  17,5
1       A    3x3   7   8     10
(...)
5       C    6x1,5 66  20    21
(...)
6       E    6x1,5 66  18    19


Para prosseguir com os cálculos, é comum reduzir as plantas bifurcadas,
trifurcadas e quadrifurcadas a uma única planta, da seguinte maneira:

CAP = RAIZ(CAP1^2 + CAP2^2 + CAPn^2)

Assim, o exemplo acima ficaria assim:

CAPcalc = RAIZ(10,1^2+11^2) = 14,93

CAPcalc = RAIZ(18^2 + 17^2 + 18,5^2)

Bloco Clone  Esp Arv   CAP  HT     CAPcalc
1       A    3x3   1   12,5 18
1       A    3x3   2   10,1 11     14,93
1       A    3x3   2   11   11,5
1       A    3x3   3   19   21
1       A    3x3   4   19   20
1       A    3x3   5   9     8
1       A    3x3   6   18    17    30,91
1       A    3x3   6   17    18
1       A    3x3   6   18,5  17,5
1       A    3x3   7   8     10
(...)
5       C    6x1,5 66  20    21
(...)
6       E    6x1,5 66  18    19

São seis blocos, cinco clones diferentes e seis espaçamentos.

Pergunto: alguém já otimizou isso no R? Tenho 7.473 linhas de dados para
analisar e já fiz isso na unha (Calc Libreoffice) para os 3 anos anteriores.
Como ainda teremos mais 3 anos de medição desse experimento, estou buscando
ajuda. Não tenho nenhum código em mente para enviar. O pedido de ajuda para
este caso e para o outro que irei enviar em seguida parte do zero.

Obrigado

--
Marcelo


------------------------------

Subject: Legenda do Digest

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R-br mailing list
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https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br


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Fim da Digest R-br, volume 95, assunto 3
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--
Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro - UENF
Genética e Melhoramento de Plantas (Plant proteomics)

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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
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Re: [R-br] Digest R-br, volume 95, assunto 3

R-br mailing list
 
 
 
 
Por que não estou conseguindo rodar isto?
 
> dados <- textConnection("Bloco Clone Esp Arv CAP HT
+ + 1 A 3x3 1 12,5 18
+ + 1 A 3x3 2 10,1 11
+ + 1 A 3x3 2 11 11,5
+ + 1 A 3x3 3 19 21
+ + 1 A 3x3 4 19 20
+ + 1 A 3x3 5 9 8
+ + 1 A 3x3 6 18 17
+ + 1 A 3x3 6 17 18
+ + 1 A 3x3 6 18,5 17,5
+ + 1 A 3x3 7 8 10")
> x <- read.table(dados, header = T, dec = ",")
Error in read.table(dados, header = T, dec = ",") : 
  duplicate 'row.names' are not allowed
 



> dados <- textConnection("Bloco Clone Esp Arv CAP HT
+ 1 A 3x3 1 12,5 18
+ 1 A 3x3 2 10,1 11
+ 1 A 3x3 2 11 11,5
+ 1 A 3x3 3 19 21
+ 1 A 3x3 4 19 20
+ 1 A 3x3 5 9 8
+ 1 A 3x3 6 18 17
+ 1 A 3x3 6 17 18
+ 1 A 3x3 6 18,5 17,5
+ 1 A 3x3 7 8 10")
> x <- read.table(dados, header = T, dec = ",");x
Bloco Clone Esp Arv CAP HT
1 1 A 3x3 1 12.5 18.0
2 1 A 3x3 2 10.1 11.0
3 1 A 3x3 2 11.0 11.5
4 1 A 3x3 3 19.0 21.0
5 1 A 3x3 4 19.0 20.0
6 1 A 3x3 5 9.0 8.0
7 1 A 3x3 6 18.0 17.0
8 1 A 3x3 6 17.0 18.0
9 1 A 3x3 6 18.5 17.5
10 1 A 3x3 7 8.0 10.0
> CAP.sqrt <-function(x){ raiz = sqrt(sum(x^2))
+ return(raiz)}
> x$COVA <- paste(x$Bloco, x$Clone, x$Esp, x$Arv, sep = "")
> attach(x)
> CAPcalc <- tapply(CAP, COVA, CAP.sqrt) #note que aqui com o exemplo que
você deu só teremos 7 resultados (possíveis combinações entre bloco, clone
e espaçamento),
> # criando um novo data.frame com a variável CAPcalc
> detach(x)
> # TESTE
> newtable <- data.frame(BLOCO = rep(1, times = 7),
+ CLONE = rep("A", times = 7),
+ ESP = rep("3x3", times = 7),
+ ARV = 1:7,
+ CAPcalc)
> newtable
BLOCO CLONE ESP ARV CAPcalc
1A3x31 1 A 3x3 1 12.50000
1A3x32 1 A 3x3 2 14.93352
1A3x33 1 A 3x3 3 19.00000
1A3x34 1 A 3x3 4 19.00000
1A3x35 1 A 3x3 5 9.00000
1A3x36 1 A 3x3 6 30.90712
1A3x37 1 A 3x3 7 8.00000

Em sáb, 3 de nov de 2018 às 12:00, <[hidden email]>
escreveu:

> Enviar submissões para a lista de discussão R-br para
> [hidden email]
>
> Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou
> corpo da mensagem para
> [hidden email]
>
> Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo
> endereço
> [hidden email]
>
> Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
> mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
>
>
> Tópicos de Hoje:
>
> 1. IC 95% (Edmar Caldas)
> 2. Re: IC 95% (Marcus Nunes)
> 3. Cálculo do CAP com base na repetição da árvore (Marcelo Laia)
>
>
> ----------------------------------------------------------------------
>
> Message: 1
> Date: Sat, 3 Nov 2018 01:21:39 +0000 (UTC)
> From: Edmar Caldas <[hidden email]>
> To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R.
> <[hidden email]>
> Subject: [R-br] IC 95%
> Message-ID: <[hidden email]>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Boa Noite!
> Pq meus intervalos de confiança deram negativos, se a média é
> positiva? Outra notação, valor do teste t também deu negativo?
> > t.test(Pesquisa$wwwhr~Pesquisa$sex, var.equal=FALSE)
> Welch Two Sample t-test
> data: Pesquisa$wwwhr by Pesquisa$sext = -4.7853, df = 1314.3, p-value =
> 1.9e-06alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 095
> percent confidence interval: -3.083359 -1.290332sample estimates: mean in
> group FEMININO mean in group MASCULINO 4.920046
> 7.106892
>
>
> Edmar
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181103/4d191f27/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 2
> Date: Sat, 3 Nov 2018 07:43:11 -0300
> From: Marcus Nunes <[hidden email]>
> To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R.
> <[hidden email]>
> Subject: Re: [R-br] IC 95%
> Message-ID:
> <CA+QGQvuJ2brzVLqirK1-thcuEMRf+=Vfda4Nh3-w0ZAfoY=
> [hidden email]>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Este é um teste t de comparação da diferença entre as médias de dois
> grupos. Por padrão, o R assume que os níveis dos grupos são dados em ordem
> alfabética. Portanto, no teu caso, Grupo 1 é FEMININO e Grupo 2 é
> MASCULINO. Desta forma, tua hipótese nula é
>
> H_0: mu_1 - mu_2 = 0
>
> Ou seja,
>
> H_0: mu_FEMININO - mu_MASCULINO = 0
>
> O estimador será X_barra_FEMININO - X_barra_MASCULINO. Portanto,
> 4.920046 - 7.106892
> = -2.186846. A partir disso, é fácil ver porque o intervalo de confiança é
> todo negativo (dica: há diferença entre as médias, com FEMININO <
> MASCULINO) e porque a estatística do teste deu negativa também.
> --
> Marcus Nunes
> Professor Adjunto
> Universidade Federal do Rio Grande do Norte
> Centro de Ciências Exatas e da Terra
> Departamento de Estatística
> Laboratório de Estatística Aplicada
> [hidden email]
> https://marcusnunes.me/
>
>
>
> On Fri, Nov 2, 2018 at 10:22 PM Edmar Caldas por (R-br) <
> [hidden email]> wrote:
>
> > Boa Noite!
> >
> > Pq meus intervalos de confiança deram negativos, se a média é positiva?
> > Outra notação, valor do teste t também deu negativo?
> >
> > > t.test(Pesquisa$wwwhr~Pesquisa$sex, var.equal=FALSE)
> >
> > Welch Two Sample t-test
> >
> > data: Pesquisa$wwwhr by Pesquisa$sex
> > t = -4.7853, df = 1314.3, p-value = 1.9e-06
> > alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0
> > 95 percent confidence interval:
> > -3.083359 -1.290332
> > sample estimates:
> > mean in group FEMININO mean in group MASCULINO
> > 4.920046 7.106892
> >
> >
> >
> > Edmar
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> > [hidden email]
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> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> > código mínimo reproduzível.
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181103/4bc0b32e/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 3
> Date: Sat, 3 Nov 2018 10:40:56 -0300
> From: Marcelo Laia <[hidden email]>
> To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R.
> <[hidden email]>
> Subject: [R-br] Cálculo do CAP com base na repetição da árvore
> Message-ID: <20181103134056.GC2176@localhost>
> Content-Type: text/plain; charset=iso-8859-1
>
> Bom dia!
>
> Em Engenharia Florestal é comum termos numa mesma cova duas ou mais hastes
> (árvores), a qual chamamos de bifurcadas (para duas), trifurcadas (para
> três),
> etc..
>
> Assim, podemos ter o seguinte:
>
> Bloco Clone Esp Arv CAP HT
> 1 A 3x3 1 12,5 18
> 1 A 3x3 2 10,1 11
> 1 A 3x3 2 11 11,5
> 1 A 3x3 3 19 21
> 1 A 3x3 4 19 20
> 1 A 3x3 5 9 8
> 1 A 3x3 6 18 17
> 1 A 3x3 6 17 18
> 1 A 3x3 6 18,5 17,5
> 1 A 3x3 7 8 10
> (...)
> 5 C 6x1,5 66 20 21
> (...)
> 6 E 6x1,5 66 18 19
>
>
> Para prosseguir com os cálculos, é comum reduzir as plantas bifurcadas,
> trifurcadas e quadrifurcadas a uma única planta, da seguinte maneira:
>
> CAP = RAIZ(CAP1^2 + CAP2^2 + CAPn^2)
>
> Assim, o exemplo acima ficaria assim:
>
> CAPcalc = RAIZ(10,1^2+11^2) = 14,93
>
> CAPcalc = RAIZ(18^2 + 17^2 + 18,5^2)
>
> Bloco Clone Esp Arv CAP HT CAPcalc
> 1 A 3x3 1 12,5 18
> 1 A 3x3 2 10,1 11 14,93
> 1 A 3x3 2 11 11,5
> 1 A 3x3 3 19 21
> 1 A 3x3 4 19 20
> 1 A 3x3 5 9 8
> 1 A 3x3 6 18 17 30,91
> 1 A 3x3 6 17 18
> 1 A 3x3 6 18,5 17,5
> 1 A 3x3 7 8 10
> (...)
> 5 C 6x1,5 66 20 21
> (...)
> 6 E 6x1,5 66 18 19
>
> São seis blocos, cinco clones diferentes e seis espaçamentos.
>
> Pergunto: alguém já otimizou isso no R? Tenho 7.473 linhas de dados para
> analisar e já fiz isso na unha (Calc Libreoffice) para os 3 anos
> anteriores.
> Como ainda teremos mais 3 anos de medição desse experimento, estou buscando
> ajuda. Não tenho nenhum código em mente para enviar. O pedido de ajuda para
> este caso e para o outro que irei enviar em seguida parte do zero.
>
> Obrigado
>
> --
> Marcelo
>
>
> ------------------------------
>
> Subject: Legenda do Digest
>
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> Fim da Digest R-br, volume 95, assunto 3
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*Caio Cézar Guedes Corrêa* <http://lattes.cnpq.br/3271223159819454>
Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro - UENF
Genética e Melhoramento de Plantas (Plant proteomics)
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Re: [R-br] Cálculo do CAP com base na repetição da árvore

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On 03/11/18 at 02:45, Caio Corrêa wrote:
> Marcelo, acredito que isso pode te ajudar...
>

Sim! Ajuda e muito, Caio!

Testei aqui e funcionou!

Vou fazer alguma modificação para rodar no banco todo. Como tenho 6 blocos,
haverá outras combinações. Assim, penso em rodar algo do tipo:

x$COVA <- paste(x$Bloco, x$Clone, x$Esp, x$Arv, sep = ";")

attach(x)

CAPcalc <- tapply(CAP, COVA, CAP.sqrt)

data.frame(CAPcalc)
           CAPcalc
1;A;3x3;1 12.50000
1;A;3x3;2 14.93352
1;A;3x3;3 19.00000
1;A;3x3;4 19.00000
1;A;3x3;5  9.00000
1;A;3x3;6 30.90712
1;A;3x3;7  8.00000

write.table(CAPcalc, "CAPcalc.txt")

Substituo o ";" por tabulação utilizando o Gedit ou Emacs.

Valeu!

Laia, ML

Ai, eu utilizo o seguinte para separar a primeira coluna:




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Marcelo
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Re: [R-br] Cálculo do CAP com base na repetição da árvore

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In reply to this post by R-br mailing list
On 04/11/18 at 07:17, Mauro Sznelwar por (R-br) wrote:

>
>
>
>
>
>
>
>
>    Por que não estou conseguindo rodar isto?
>
>
>
>    > dados <- textConnection("Bloco Clone Esp Arv CAP HT
>
>    + + 1 A 3x3 1 12,5 18
>

Você passou os dados com o caracter + ou sem o +?

Parece-me que você copiou os dados com o caracter + e aí pode estar a causa do
insucesso.
 

--
Marcelo
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