Re: [R-br] Digest R-br, volume 96, assunto 8

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 96, assunto 8

R-br mailing list

Não funcionou a função prediction. O engraçado é quem nem mensagem de erro mostra.


lixo$previsao <-predict(simples, newdata=lixo,interval = "prediction")
lixo$previsao <-predict(simples, newdata=lixo,interval = "prediction", level=0.95)


segue meu codigo,


attach(waste)
names(waste)
simples <-lm(waste$wastee ~ restrnts)
simples
ajuste<-fitted(simples)
waste$ajuste <-ajuste
erro <- (waste$ajuste - waste$wastee)
waste$erro<-erro
prova <- waste$ajuste-waste$erro
waste$prova <-prova
head(waste)

y<- (0.14685 + 0.01014 * waste$restrnts)
waste$y<-y

plot(wastee ~ ajuste)

head(waste)


#Prevendo em novos dados.

library(readxl)
lixo <- read_excel("Dieretorio/lixo.xlsx")
View(lixo)

attach(lixo)

lixo$previsao <-predict(simples, newdata=lixo,interval="prediction",level=0.95)
lixo


eu consigo fazer a previsão, mas preciso do intervalo de confiança para previsão.

Edmar
nsegue 

Em segunda-feira, 10 de dezembro de 2018 12:00:18 BRST, <[hidden email]> escreveu:


Enviar submissões para a lista de discussão R-br para

Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço
ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou
corpo da mensagem para

Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo
endereço

Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."


Tópicos de Hoje:

  1. Re: IC para previsao (Elias T. Krainski)
  2. Problema para plotar IC para modelo glm Gamma usando
      stat_smooth() no ggplot2 (ASANTOS)


----------------------------------------------------------------------

Message: 1
Date: Sun, 9 Dec 2018 16:54:45 +0000 (UTC)
From: "Elias T. Krainski" <[hidden email]>
To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R.
Subject: Re: [R-br] IC para previsao
Message-ID: <[hidden email]>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"


Coloca "prediction"

  On Fri, Dec 7, 2018 at 22:39, Edmar Caldas por (R-br)<[hidden email]> wrote:  Preciso de uma ajuda para criar o IC para ajuste do modelo de regressão linear simples.
não dá nenhuma mensagem de erro, cria somente a previsao do modelo em novos dados.

lixo$previsao <-predict(simples, newdata=lixo,interval="confidence",level=0.95)lixo


Edmar_______________________________________________
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. 
-------------- Próxima Parte ----------
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Um texto embutido e sem conjunto de caracteres especificado foi limpo...
Nome: Untitled

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Message: 2
Date: Mon, 10 Dec 2018 01:47:12 -0300
From: ASANTOS <[hidden email]>
Subject: [R-br] Problema para plotar IC para modelo glm Gamma usando
    stat_smooth() no ggplot2
Message-ID: <[hidden email]>
Content-Type: text/plain; charset=utf-8; format=flowed

Prezados Membros do R-br,

    Estou tentando plotar um modelo glm Gamma com stat_smooth() no
ggplot2 sem sucesso. Minha ideia é representar o intervalo de confiança
para um modelo onde realizei a junção de dois níveis para o fator
Feature. Segundo exemplo fictício do meu problema:

#Simulação de um banco de dados, onde a variável resposta Production tem
distribuição Gamma
set.seed(123)
d<-NULL
N<-50
d$Production <- rgamma(N,10)
d$Feature <- ifelse(d$Production >7 & d$Production<10,
c("green"),ifelse(d$Production>11,
c("red"), c("blue")))
d$Temp<-rnorm(N,20,5)
d<-as.data.frame(d)
#

# Ajusto um modelo de Gamma completo
mG<- glm(Production~ Feature + Temp, family= Gamma, data = d)
summary(mG)
anova(mG,test="Chi")

# Comparo os níveis do fator Feature
library(multcomp)
PW<-summary(glht(mG, linfct = mcp(Feature= "Tukey")))
PW
cld(PW)

# Faço de conta que os níveis green = blue e realizo um novo ajuste
Feature2<-d$Feature
levels(Feature2)
levels(Feature2)[1]<-"blue&green"
levels(Feature2)[2]<-"blue&green"
levels(Feature2)
d$Feature2<-Feature2
mG2<- glm(Production~ Feature2 + Temp, family= Gamma, data = d)

# Crio os valores de predição
pred.data = data.frame(
Feature2<-d$Feature2,
Temp<-d$Temp
)
pred.data$Production = predict(mG2, newdata=pred.data, type="response")

#Realizo o plot
library("ggplot2")
ggplot(d, aes(Temp, Production, colour = Feature2)) +
  geom_point() +
  geom_line(data=pred.data) +
  stat_smooth(method = "glm", formula = y ~ x, family = Gamma)
#

     E tenho uma representação errada do intervalo de confiança do meu
modelo mG2 porque não consigo fazer a função stat_smooth() considerar o
ajuste mG2. Como posso resolver isso?

Obrigado

--
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Alexandre dos Santos
Proteção Florestal
IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso
Campus Cáceres
Caixa Postal 244
Avenida dos Ramires, s/n
Bairro: Distrito Industrial
Cáceres - MT                      CEP: 78.200-000
Fone: (+55) 65 99686-6970 (VIVO) (+55) 65 3221-2674 (FIXO)
        [hidden email]
OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722  -  ResearcherID: A-5790-2016
Researchgate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10
LinkedIn: br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635
Mendeley:www.mendeley.com/profiles/alexandre-dos-santos6/
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Re: [R-br] Digest R-br, volume 96, assunto 8

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Edmar,

O CMR precisa atender a cláusula reproduzível se você espera que a gente possa entender seu problema:

R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)

R é um software livre e vem sem GARANTIA ALGUMA.
Você pode redistribuí-lo sob certas circunstâncias.
Digite 'license()' ou 'licence()' para detalhes de distribuição.

R é um projeto colaborativo com muitos contribuidores.
Digite 'contributors()' para obter mais informações e
'citation()' para saber como citar o R ou pacotes do R em publicações.

Digite 'demo()' para demonstrações, 'help()' para o sistema on-line de ajuda,
ou 'help.start()' para abrir o sistema de ajuda em HTML no seu navegador.
Digite 'q()' para sair do R.

> attach(waste)
Error in attach(waste) : objeto 'waste' não encontrado
>

Concorda que não dá para seguir daqui?



On Mon, Dec 10, 2018 at 12:08 PM Edmar Caldas por (R-br) <[hidden email]> wrote:

Não funcionou a função prediction. O engraçado é quem nem mensagem de erro mostra.


lixo$previsao <-predict(simples, newdata=lixo,interval = "prediction")
lixo$previsao <-predict(simples, newdata=lixo,interval = "prediction", level=0.95)


segue meu codigo,


attach(waste)
names(waste)
simples <-lm(waste$wastee ~ restrnts)
simples
ajuste<-fitted(simples)
waste$ajuste <-ajuste
erro <- (waste$ajuste - waste$wastee)
waste$erro<-erro
prova <- waste$ajuste-waste$erro
waste$prova <-prova
head(waste)

y<- (0.14685 + 0.01014 * waste$restrnts)
waste$y<-y

plot(wastee ~ ajuste)

head(waste)


#Prevendo em novos dados.

library(readxl)
lixo <- read_excel("Dieretorio/lixo.xlsx")
View(lixo)

attach(lixo)

lixo$previsao <-predict(simples, newdata=lixo,interval="prediction",level=0.95)
lixo


eu consigo fazer a previsão, mas preciso do intervalo de confiança para previsão.

Edmar
nsegue 

Em segunda-feira, 10 de dezembro de 2018 12:00:18 BRST, <[hidden email]> escreveu:


Enviar submissões para a lista de discussão R-br para

Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço
ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou
corpo da mensagem para

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endereço

Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."


Tópicos de Hoje:

  1. Re: IC para previsao (Elias T. Krainski)
  2. Problema para plotar IC para modelo glm Gamma usando
      stat_smooth() no ggplot2 (ASANTOS)


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Message: 1
Date: Sun, 9 Dec 2018 16:54:45 +0000 (UTC)
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Subject: Re: [R-br] IC para previsao
Message-ID: <[hidden email]>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"


Coloca "prediction"

  On Fri, Dec 7, 2018 at 22:39, Edmar Caldas por (R-br)<[hidden email]> wrote:  Preciso de uma ajuda para criar o IC para ajuste do modelo de regressão linear simples.
não dá nenhuma mensagem de erro, cria somente a previsao do modelo em novos dados.

lixo$previsao <-predict(simples, newdata=lixo,interval="confidence",level=0.95)lixo


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Message: 2
Date: Mon, 10 Dec 2018 01:47:12 -0300
From: ASANTOS <[hidden email]>
Subject: [R-br] Problema para plotar IC para modelo glm Gamma usando
    stat_smooth() no ggplot2
Message-ID: <[hidden email]>
Content-Type: text/plain; charset=utf-8; format=flowed

Prezados Membros do R-br,

    Estou tentando plotar um modelo glm Gamma com stat_smooth() no
ggplot2 sem sucesso. Minha ideia é representar o intervalo de confiança
para um modelo onde realizei a junção de dois níveis para o fator
Feature. Segundo exemplo fictício do meu problema:

#Simulação de um banco de dados, onde a variável resposta Production tem
distribuição Gamma
set.seed(123)
d<-NULL
N<-50
d$Production <- rgamma(N,10)
d$Feature <- ifelse(d$Production >7 & d$Production<10,
c("green"),ifelse(d$Production>11,
c("red"), c("blue")))
d$Temp<-rnorm(N,20,5)
d<-as.data.frame(d)
#

# Ajusto um modelo de Gamma completo
mG<- glm(Production~ Feature + Temp, family= Gamma, data = d)
summary(mG)
anova(mG,test="Chi")

# Comparo os níveis do fator Feature
library(multcomp)
PW<-summary(glht(mG, linfct = mcp(Feature= "Tukey")))
PW
cld(PW)

# Faço de conta que os níveis green = blue e realizo um novo ajuste
Feature2<-d$Feature
levels(Feature2)
levels(Feature2)[1]<-"blue&green"
levels(Feature2)[2]<-"blue&green"
levels(Feature2)
d$Feature2<-Feature2
mG2<- glm(Production~ Feature2 + Temp, family= Gamma, data = d)

# Crio os valores de predição
pred.data = data.frame(
Feature2<-d$Feature2,
Temp<-d$Temp
)
pred.data$Production = predict(mG2, newdata=pred.data, type="response")

#Realizo o plot
library("ggplot2")
ggplot(d, aes(Temp, Production, colour = Feature2)) +
  geom_point() +
  geom_line(data=pred.data) +
  stat_smooth(method = "glm", formula = y ~ x, family = Gamma)
#

     E tenho uma representação errada do intervalo de confiança do meu
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ajuste mG2. Como posso resolver isso?

Obrigado

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[R-br] Como fazer sp. não ficar itálico em nomes de espécies

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Olá pessoal,


Estou fazendo curvas de abundância, no entanto tenho algumas espécies com sp., sp. 1 e sp. 2.


Mas quando rodo o script todas as espécies ficam em itálico.

Não consigo deixar os sp. em letra normal.


Se alguém puder dar uma dica de como fazer essa manipulação, seria de muita ajuda!


E agradeço desde já por qualquer dica.

Obrigada!

 Tamily Santos


par(las=2, mar=c(12, 5, 3, 3), family = "serif")

plot(rad.auati, type="n", xaxt="n", xlab="", bty="l", 
     ylab="Abundance")
points(rad.auati, pch=21, cex=1.5)
lines(rad.auati$models$Mandelbrot, lwd=2, lty=1)
lines(rad.auati$models$Null, lwd=2, lty=2)
axis(1, at=seq(1,length(abu.rel.auati.s),1), labels=nomes.auati, font=3, cex=0.2)
legend("topright", legend=c("Mandelbrot", "Null"), lwd=2, lty=c(1,2), bty="n")
rect(0.002,1,5.5,150, col=rgb(0,0,0,0.2),lwd=0)
arrows(7.5,70,5.5,70, length=0.07)
text(12, 65, "Hyperdominant species \n> 50% of individuals", cex=0.7)



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